Что будет с ссылками, запрещенными для индексации?

При включенной соответствующей опции такие ссылки индексироваться не будут. По умолчанию опция активна.
Кроме того, при необходимости, Вы всегда можете применить обработку только noindex или только nofollow независимо друг от друга.
Виды nofollow ссылок:

• HTML-ссылки, содержащие атрибут nofollow
• URL, которые запрещены в файле robots.txt
• Ссылки, которые находится на веб-странице с Robots-тегом nofollow