У меня большой сайт, что будет если количество проиндексированных страниц превысит максимально допустимый размер файла XML Sitemap в 50 000 URL?

По умолчанию большой Сайтмап разбивается в соответствии с требованиями протокола XML Sitemaps и поисковых систем – Вы получите несколько файлов, не более чем по 50 000 URL в каждом.
Так же Вы можете выбрать удобное количество URL для одного файла самостоятельно.