У меня очень большой сайт, что будет когда количество просканированных страниц перейдет максимально допустимый размер в 50 000 URL?

По умолчанию большой Сайтмап разбивается в соответствии с требованиями протокола Sitemap и поисковых систем – Вы получите несколько файлов Sitemap по 50 000 URL каждый.
Так же Вы можете выбрать удобное количество URL для одного файла самостоятельно.